Первый матч на профессиональном уровне команда провела 17 июля 2011 года в Кубке России против ФК «Догопрудный», в котором проиграла со счётом 0:1.С сезона 2012/2013 выступает в зоне «Запад»
В июне 2014 года стало известно, что ФК «Вологда», единственный футбольный клуб, представлявший Вологодскую область в профессиональном футболе, не сможет принять участие в первенстве 2014-2015 года из-за проблем с финансированием.
