На тренерской работе с 1977 года. Десять лет работал детским тренером в ДЮСШ-15 (Воронеж).
С 1988—1989 гг., совмещая учёбу в ВШТ, работал вторым тренером ФК «Факел», где отвечал за фиксацию технико-тактических действий, наговаривал на диктофон, потом расшифровывал.
После был главным тренером ФК «Буран» (Воронеж), «Факел», «Кристалл».
Самым успешным периодом тренерской карьеры Нененко, считается работа в «Факеле» с 1999 по 2001 годы. В декабре 1998 года его, успешно руководившего смоленским «Кристаллом», пригласил на тренерский пост президент «Факела» Юрий Михайлович Батищев. Валерий не долго раздумывая, отказывается от ключей новенькой трёхкомнатной квартиры в Смоленске и принимает приглашение[5]. В 1999 году «Факел», заняв второе место в Первом дивизионе, выходит в Высший дивизион, где играет на протяжении двух сезонов. Этот результат является лучшим для ФК «Факел» в истории[3].
После «Факела» тренировал ФК «Черноморец», «Салют-Энергия», «Динамо» (Воронеж).
В 2005 году был главным тренером ФК «Ротор-2»[6].
В 2006 году тренировал «Факел»[7]. Зимой 2007 был уволен из клуба, из-за тяжёлой финансовой ситуации в команде[8].
В 2012 году тренировал ФК «Астрахань». Покинул команду из-за разногласий с президентом клуба
https://ru.wikipedia.org/wiki/Нененко,_Валерий_Георгиевич
