В 1993 году Цымбаларь вместе со своим одноклубником Юрием Никифоровым принял предложение присоединиться к московскому «Спартаку». В составе «красно-белых» Илья провёл лучшие годы своей карьеры, шесть раз становясь чемпионом России и дважды выигрывая Кубок России. Лучшие футбольные качества Цымбаларя, такие как хорошее видение поля, техника и способность к нестандартным действиям, сделали его одним из лучших футболистов страны и идеально вписывались в игровую концепцию тренера команды Олега Романцева.