В 1993 году Цымбаларь вместе со своим одноклубником Юрием Никифоровым принял предложение присоединиться к московскому «Спартаку». В составе «красно-белых» Илья провёл лучшие годы своей карьеры, шесть раз становясь чемпионом России и дважды выигрывая Кубок России. Лучшие футбольные качества Цымбаларя, такие как хорошее видение поля, техника и способность к нестандартным действиям, сделали его одним из лучших футболистов страны и идеально вписывались в игровую концепцию тренера команды Олега Романцева. В «Спартаке» полузащитник выступал преимущественно на левом фланге или в центре поля. В 1995 году Илья был признан лучшим футболистом России по версиям еженедельника «Футбол» и газеты «Спорт-Экспресс». В Золотом матче 1996 года Цымбаларь открыл счёт, поразив ворота «Алания», в итоге матч завершился победой «красно-белых» со счётом 2:1. Другой важный гол за «Спартак» Илья забил 30 сентября 1998 года, сравняв счёт в матче с мадридским «Реалом», а в скором времени гол Егора Титова принёс москвичам победу.
